Koncipirajući Muzej za umjetnost i obrt kao “zavod koji mora zanatlijama dati priliku da se zornom poukom naobraze i usavrše” i određujući ga “sredstvom za poučavanje u umjetničkoj stilistici i povijesti umjetnosti ne samo na Sveučilištu nego i na budućim obrtničkim školama“, Izidor Kršnjavi je u Statutu i osnovi budućeg muzeja u same njegove temelje ugradio važan segment edukacije, koji će neprekidno biti prisutan prateći suvremena kretanja u muzejskoj pedagogiji.

U poslijeratnom razdoblju, Zdenko Vojnović proširuje pedagoški rad s djecom, mladeži i studentima. U Muzeju otvara dječju likovnu radionicu koju vodi Edo Kovačević, u to vrijeme likovni suradnik i prvi predavač muzeologije na Zagrebačkom sveučilištu. Uvodi ljetnu praksu za studente povijesti umjetnosti i surađuje sa zagrebačkim školama. Prvi muzejski pedagog zaposlen je u travnju 1959. godine, čime je započeo sustavni pedagoški rad. Svoju je odgojnu funkciju Muzej usmjerio prema djeci predškolske dobi, osnovnih i srednjih škola, ali i “prema proizvođačima (obrt, industrija, stručna udruženja, sindikati), širokom vanškolskom općinstvu i strancima”.

Pedagoški je zadatak bio i edukacija prosvjetno-odgojnih kadrova. Priređivana su predavanja, različiti tečajevi, organizirana su stručna vodstva, ali i posebne priredbe poput komornih večeri vezanih uz pojedine zbirke.

Stalni postavi su svojom preglednošću i dodatnim informacijama uvijek naglašavali edukativni aspekt, a povremene su izložbe bile kvalitetna informacija o povijesti, ali i o najnovijim kretanjima u umjetnosti. Muzej je time odigrao značajnu ulogu u formiranju ukusa kako mladih umjetnika, tako i najšire publike.

Danas je Muzej, među ostalim, svojim edukativnim programima širom otvorio vrata svim vrstama muzejskih posjetitelja, od organiziranih grupa polaznika vrtića, osnovnih i srednjih škola, fakulteta, ustanova koje okupljaju osobe treće dobi te osobe s invaliditetom, kao i turističkim i drugim grupama do individualnih i obiteljskih posjeta.

Osim stručnih vodstava prilagođenih potrebama i interesima grupa, kako bi se posjetiteljima omogućio ugodan i aktivan boravak u Muzeju, priređuju se raznovrsne kreativne radionice. One obuhvaćaju različite aktivnosti, od likovnih, preko susreta s autorima i muzejskim stručnjacima do dramskih i plesnih improvizacija.

Subotom i za vrijeme školskih praznika održavaju se cjelodnevne radionice koje posjećuju i odrasli i djeca, gdje se radovi nastali u njima redovito izlažu.

Za odrasle, u dane kada Muzej ima produženo radno vrijeme, održavaju se Susreti u muzeju, program u kojem muzejski stručnjaci i njihovi gosti, umjetnici i drugi autori, govore o temama vezanim uz fundus i povremene izložbe ili se priređuju kreativne radionice.

Prisnom komunikacijom, uvažavanjem dobne, kulturne, obrazovne, emocionalne i druge različitosti svoje publike, ovaj muzej postaje mjesto na kojem se posjetitelj osjeća aktivnim sudionikom kulturnog života naše sredine.