Odjel zbirki sustavno prikuplja, obrađuje, izlaže i publicira muzejsku građu. Zahvaljujući razvojno usmjerenom oblikovanju fundusa, Muzej za umjetnost i obrt kroz 130 godina djelovanja i pripadajućih faza muzeološkog razvoja, sustavno je razvijao svoje zbirke, reorganizirao postojeće i osnivao nove. Danas ovaj odjel čuva više od 100.000 predmeta, raspoređenih u dvadeset sljedećih zbirki: arhitekture, bjelokosti, devocionalija, starije i novije fotografije, fotografskog pribora, grafičkog dizajna, grafike, glazbenih instrumenata, keramike, skulpture, metala, namještaja, oslikane kože, produkt dizajna, satova, slikarstva, stakla, tekstila (mode i modnog pribora), tiskarstva i knjigoveštva, te zbirka varia.

U recentnom Stalnom postavu Muzeja otvorenom 1995. godine prezentirano je više od 3000 predmeta iz fundusa. Zbog prostornog ograničenja te zbog osjetljivosti materijala, u stalnom postavu nisu zastupljeni predmeti iz zbirki novije fotografije i fotografskog pribora, arhitekture, grafike te iz zbirke varia, koje ovdje predstavljamo.

Zbirka fotografija Muzeja za umjetnost i obrt utemeljena 1939. godine, danas je organizirana u tri podzbirke: starija fotografija, novija fotografija i fotografska oprema. U podzbirci starije fotografije prikupljaju se i čuvaju fotografska ostvarenja od pojave prvih fotografa u Hrvatskoj sredinom 19. st. do 1950-ih. Odabrana djela hrvatskih fotografa, nastala u vremenu od 1950. godine do danas sabrana su u podzbirci novije fotografije. U dijelu zbirke fotografske opreme čuvaju se fotografske kamere, s pripadajućim priborom, izrađene u vremenu od 1850. godine do kraja 20. stoljeća.

Od 1960-ih, usporedno s ostvarenim fotografskim izložbama, oblikuje se i fundus novije fotografije, pri čemu se donacija potvrđuje kao dominatan oblik nabave fotografske građe.

Nakon izložbe 100 godina fotografije u Hrvatskoj (1840. – 1940.) formiran je nukleus današnje podzbirke novije fotografije MUO, kroz donacije istaknutih hrvatskih fotografa, među kojima ističemo Tošu Dabca, Mladena Grčevića, Marijana Szaba, braću Brkan i Ota Hohnjeca. 1970-ih prikupljene su i fotografije Joze Četkovića, Aleksandra Kukeca, Branka Balića, Petra Dabca, Enesa Midžića, Zlate Vucelić, Zvonimira Malusa, Krešimira Tadića i Nine Vranića. Djela predstavnika tada mlade generacije fotografa – Josipa Klarice, Ivana Posavca, Željka Borčića i Stephana Lupina – obogaćuju muzejski fundus 1980-ih.

Podzbirka novije fotografije značajno je obogaćena u drugoj polovini devedesetih godina prošlog te u prvom desetljeću ovog stoljeća opusima Mladena Grčevića, Milana Pavića, Fernanda Soprana, Zlate Laure Mizner, Andrije Orlića, Marije Braut, Bolte Ranilovića, te izborom djela Mladena Tudora, Krešimira Tadića, Mie Vesovića i Luke Mjede. Kroz djela autora zastupljenih u fundusu novije fotografije MUO moguće je sagledati dominatna poetska usmjerenja u hrvatskoj fotografiji proteklih šest desetljeća: od završnog perioda socijalističkog realizma i usporedne pojave avangardnih tendencija, porodice čovjeka Edwarda Steichena, subjektivne fotografije, novinske fotografije i časopisa Globusa i Poleta do pluralizma postmoderne potvrđene u raznovrsnosti autorskih izraza i tehničke obrade fotografske slike.

Zbirka predmeta fotografske opreme osnovana je 1939. godine na poticaj Vladimira Tkalčića, dugogodišnjeg ravnatelja MUO i vrsnog fotoamatera. Sastoji se od oko 2300 predmeta na temelju kojih možemo pratiti razvoj fotografske opreme od fotografskih kamera iz vremena otkrića do digitalnih kamera.

Prve akvizicije za zbirku grafike datiraju još iz 1885. godine, kada je Izidor Kršnjavi sredstvima biskupa Strossmayera, na aukciji ostavštine katalonskog slikara i kolekcionara Mariana Fortunyja u Parizu, za muzejski fundus nabavio „više stotina bakroreza i drvoreza“. Desetljećima pridružena zbirci slikarstva, kao jedan od “novijih odjela” zbirka grafike uređena je i otvorena javnosti 1939. godine, u prigodi obilježavanja šezdesete obljetnice Muzeja.

U fundusu formiranom otkupima i donacijama zastupljena su ostvarenja europske i domaće grafičke produkcije u obuhvatnom vremenskom rasponu od 16. do 21. stoljeća. Bilo da je riječ o autorskoj ili prijevodnoj grafici, u cjelini europske grafike najbrojnije su zastupljena djela majstora francuske, talijanske i flamanske škole, od kojih se pojedini primjerci ističu umjetničkom vrijednošću i iznimnom kvalitetom izvedbe. U cjelini hrvatske grafike, uz ostvarenja umjetnika koja spadaju u sam vrh hrvatske grafičke produkcije (M. Kraljevića, T. Krizmana, M. Cl. Crnčića, Lj. Babića, M. Trepšea, Z. Šulentića, S. Glumca, A. Kinerta…), zastupljena su i brojna ostvarenja suvremenih hrvatskih umjetnika.

Premda su arhitektonski nacrti, fotografije i makete sakupljani za muzejski fundus još od početka 20. stoljeća, u zasebnu su zbirku arhitekture objedinjeni tek 1980-ih godina. Danas se u zbirci arhitekture nalazi više od tisuću radova gotovo svih autora koji su imali važnu ulogu na hrvatskoj arhitektonskoj sceni od razdoblja neostilova na kraju 19. stoljeća do najnovijeg vremena. Posebne cjeline unutar zbirke čine fotografije i nacrti donirani muzeju poslije arhitektonskih i izložaba na kojima je arhitektura imala zasebnu dionicu – Svjetske izložbe u Parizu 1925., izložbe Arhitektura u Hrvatskoj 1945. – 1985., Arhitektura 70ih godina u Hrvatskoj. Problemi, pojave i tendencije, 12 prijedloga Zagrebu 1992. za Zagreb 1994. Zbirka se kontinuirano popunjava i radovima najmlađe generacije hrvatskih arhitekata.

Zbirka varia čini mali dio fundusa MUO, ali je sastavljena od građe koja ga upotpunjuje i obogaćuje s obzirom na tip muzeja koji se temelji na produkciji umjetničkog obrta. Sastoji se od gotovo 350 predmeta, a glavninu čini pribor za pušenje – lule, cigaretnici, šibičnjaci, burmutice i sl. Većina predmeta je strane provenijencije, a datira od 18. do 20. stoljeća. Kriterij pripadanja ovoj zbirci je materijal izrade, pa se stoga dio te građe nalazi i u ostalim zbirkama (zbirci metala, keramike, bjelokosti…). Osim pribora za pušenje, jedan dio zbirke varia, među ostalim, čine drvene ljekarničke posude.