Odjel dokumentacije Muzeja osnovan je 1985. godine i od tada počinje intenzivno i sustavno centralizirano obrađivanje muzejske dokumentacije o muzejskoj građi. Temelje odjela postavio je ravnatelj Muzeja Vladimir Tkalčić tridesetih godina 20. stoljeća, osnovavši arhiv fotografskih negativa muzejskih predmeta i umjetnina registriranih izvan Muzeja. S vremenom se arhiv povećavao ne samo brojem, nego i vrstom medija te danas uz fond fototeke postoji i fond dijateke. Fond videoteke čine dokumentarni filmovi i TV objave o Muzeju i njegovoj djelatnosti. Hemeroteka Muzeja i dokumentacija o izložbama počele su se sustavno voditi pedesetih godina 20. stoljeća. Hemeroteku čini zbirka sistematiziranih i obrađenih novinskih članaka iz dnevnog i tjednog tiska vezanih uz djelatnost Muzeja. Dokumentacijom o izložbama obuhvaćene su sve izložbe održane u organizaciji Muzeja za umjetnost i obrt u vlastitom ili drugim prostorima, te sve gostujuće izložbe. Svi navedeni dokumentacijski fondovi obrađeni su ručno i računalno te ih je moguće pretraživati i otvoreni su za javnost.
Informatizacija Muzeja započela je još 1989. godine, zapošljavanjem prvog informatičara i nabavkom prvih računala. Od inicijalne točke, koja je značila uključivanje u tada aktualni muzejsko-galerijski informacijski sustav MUGIS pa sve do danas, MUO je koristio različite programe za obradu muzejske građe i dokumentacije, koji su bili prilagođeni potrebama Muzeja. Najrecentniji sustav za vođenje muzejske dokumentacije izgrađen je na platformi INDIGO koji svojim karakteristikama omogućuje relevantnu obradu muzejske građe i muzejske dokumentacije i odgovara suvremenim informatičkim potrebama i stremljenjima modernog muzeja.
Dokumentacijski odjel danas čine dokumentacijska i informatička služba te fotoatelijer. U Odjelu su zaposleni dokumentarist, muzejski tehničar, informatičar i dva fotografa.
Dokumentacijska služba
Antonija Dejanović, kustosica, viša dokumetaristica, voditeljica Dokumentacijske službe, indok@muo.hr
Klaudija Martines, klaudija.martines@muo.hr
Informatička služba
Zoran Svrtan, informatičar savjetnik, voditelj Informatičke službe, zoran.svrtan@muo.hr
Foto laboratorij
Srećko Budek, viši fotograf, voditelj Foto laboratorija, srecko.budek@muo.hr
Vedran Benović, viši fotograf, vedran.benovic@muo.hr